mały|prawo|Zdjęcie stadionu V Copa Sudamericana 2006
1/16 finału Bez gry do 1/8 finału awansowały: CA Boca Juniors (obrońca tytułu), CA River Plate, Gimnasia y Esgrima La Plata, Deportivo Toluca, CF Pachuca i LD Alajuelense
Sekcja 1 (Argentyna) CA San Lorenzo de Almagro – CA Banfield 2:1 i 0:0 (mecze 22.08 i 12.09) 1:0 Roberto Jiménez 24, 2:0 Adrián González 33k – 2:1 Angel Morales 78 0:0 CA Lanús – CA Vélez Sarsfield 2:0 i 1:0 (mecze 30.08 and 20.09) 1:0 Rodrigo Archubi 47, 2:0 Rodrigo Archubi 82 1:0 Rodrigo Archubi 63
Sekcja 2 (Brazylia) CR Vasco da Gama – SC Corinthians Paulista 0:1 i 1:3 (mecze 06.09 i 13.09) 0:1 Gustavo Nery 49 0:1 Amoroso 5, 0:2 Rafael Moura 27, 1:2 Diego 32, 1:3 Magrao 42 Santos FC – Cruzeiro EC 1:0 i 0:1, karne 4:3 (mecze 06.09 i 13.09, pierwszy mecz na stadionie klubu SC Corinthians Paulista) 1:0 André 81 0:1 Wagner 51 Paraná Clube – Athletico Paranaense 1:3 i 0:1 (mecze 06.09 i 13.09) 1:0 Cristiano 4 1:1 Cristián 7, 1:2 Marco Aurelio 25, 1:3 David Ferreira 66 0:1 Denis Marques 77 Botafogo FR – Fluminense FC 1:1 i 1:1, karne 2:4 (mecze 07.09 i 14.09) 0:1 Arouca 30, 1:1 Reinaldo 62 1:0 Julio César 35, 1:1 Marcao 90+3