Do 19 stycznia 1945 dowodzone przez niego oddziały broniły polskiej ludności przed atakami UPA w miejscowościach Żołynia, Kraczkowa, Dylągowa, Sielnica, Dynów, Tarnawka. 3 marca 1945 oddział Bissa popełnił zbrodnię w Pawłokomie. Sąd nie stwierdził jednak dokonywania przez por. Józefa Bissa jakichkolwiek mordów – czy to na Ukraińcach, czy na milicjantach, działaczach komunistycznych lub żołnierzach. Udowodnił mu tylko obecność na miejscu zbrodni, nie zaś kierowanie akcją czy popełnienie zbrodni.
29 maja 1945 w rejonie wsi Żołynia został aresztowany przez oddziały NKWD. 4 września 1945 po ciężkim i brutalnym śledztwie został skazany przez Wojskowy Sąd Rejonowy na karę 2 lat więzienia i 3 lat pozbawienia praw publicznych. W dniu 2 października 1945 sąd wojskowy podwyższył wyrok, skazując go na karę 7 lat więzienia. W sentencji wyroku podano, że „jako dowódca terrorystycznej bandy posiadał nielegalnie pistolet, uchylał się od służby wojskowej, posługiwał się fałszywymi dokumentami i składał fałszywe zeznania”.
Po opuszczeniu więzienia po trzech latach, został ponownie aresztowany „za przynależność do bandy Edwarda Cieśli” działającej na Opolszczyźnie. Po kolejnym procesie został skazany w 1951 na 8 lat więzienia. Wyrok odbywał w ciężkim więzieniu w Strzelcach Opolskich.