Linia zaczynała się od stacji towarowej kolei Warszawsko-Wiedeńskiej we wsi Czyste. W kierunku zachodnim ułożono 4400 m torów stacyjnych o szerokim rozstawie oraz tyle samo o normalnym rozstawie szyn. Ułożono 15 zwrotnic i rozjazdów. Linia przecinała następnie w kierunku północnym wieś Czyste, Wielką Wolę, oddzielała kolonię Koło od wsi Wola i omijała od północnego zachodu cmentarz Powązkowski. Dalej przechodziła koło baraków wojskowych, przecinała kanały miejskie obok rogatki powązkowskiej i biegła przez tereny Cytadeli. Linia przechodziła mostem przy Cytadeli na Wiśle i wchodziła na teren Nowej Pragi za fortem Śliwickiego. Tu przebiegała zygzakiem w kształcie dużej litery S, przecinała Bródno i docierała do linii petersburskiej przy szosie radzymińskiej w odległości 1,65 km od stacji. W tym miejscu powstały trzy rozgałęzienia linii: kierunek wschodni, biegnący wzdłuż linii petersburskiej, odcinek północno-wschodni, który dochodził do stacji pasażerskiej linii petersburskiej i odcinek w kierunku linii warszawsko-terespolskiej.