W 1929 oddano do użytku wiadukt ulicy PowązkowskiejKoziarski, S.: Sieć kolejowa Polski w latach 1918–1992, Instytut Śląski Opole 1993, s. 45.. W 1937 zbudowano wiadukt nad torami w pobliżu Dworca Gdańskiego w ciągu ulicy Mickiewicza, zniszczony wkrótce po powstaniu warszawskim i odbudowany po wojnie. W 1959 wybudowano wiadukt nad torami w ciągu ówczesnej ulicy Marchlewskiego – jako części powstającej trasy N-SCiborowski, A.: Warszawa. O zniszczeniu i odbudowie miasta, Warszawa 1964, s. 77.. Kolejne bezkolizyjne skrzyżowanie linii obwodowej z ruchem drogowym powstało w związku z oddaną do użytku w 1974 Wisłostradą przechodzącą pod mostem kolejowym na Wiśle.

Problemy z eksploatacją Po wybudowaniu trasy zaczęto odczuwać problemy wynikające z przyjętych założeń konstrukcyjnych. Ruch na całej trasie mógł odbywać się jedynie jednokierunkowo, na moście zaś wahadłowo. Na odcinku między stacjami Warszawa Nadwiślańska i Praga Nadwiślańska linia miała wspólne tory z linią nadwiślańską, po której kursowały puste składy pociągów podstawiane na stację. Przeładunek towarów odbywał się na stacji Warszawa Nadwiślańska, która z racji ulokowania na ograniczonej powierzchni okazała się mało wydajna. Skomplikowana sytuacja powstała też w ruchu pasażerskim.