W sprincie techniką klasyczną była druga, ustępując tylko Norweżce Astrid Jacobsen, która wyprzedziła ją o zaledwie 0,2 sekundy. Blisko kolejnego medalu była na dystansie 30 km stylem klasycznym, który ukończyła na piątej pozycji. Na tych samych mistrzostwach zajęła także dziewiąte miejsce w sprincie drużynowym stylem dowolnym. W zawodach pucharowych aż trzynaście razy znalazła się w pierwszej dziesiątce, w tym sześciokrotnie stawała na podium: 25 listopada 2006 roku w Ruce wygrała sprint stylem dowolnym, 13 grudnia była druga w biegu na 10 km klasykiem w Cogne, 3 stycznia 2007 w Oberstdorfie wygrała bieg na 10 km klasykiem, 14 marca w Drammen była druga w sprincie klasykiem, trzy dni później była trzecia w biegu na 30 km klasykiem w Oslo, a 21 marca 2007 roku zwyciężyła w sprincie stylem klasycznym w Sztokholmie. Słowenka wzięła także udział w pierwszej edycji Tour de Ski, punktując w pięciu z sześciu etapów. W klasyfikacji końcowej była szósta, tracąc do zwyciężczyni, Finki Virpi Kuitunen blisko dwie minuty. W klasyfikacji generalnej sezonu 2006/2007 pozwoliło jej to zająć czwarte miejsce, 50 punktów za Czeszką Kateřiną Neumannovą. W klasyfikacji sprinterskiej wyprzedziła ją tylko Virpi Kuitunen, a w klasyfikacji biegów dystansowych Majdič zajęła ósme miejsce.