W TdS punktowała we wszystkich etapach, nie zajmując miejsca niższego niż szesnaste. W czterech etapach stawała na podium, jednakże w żadnym nie wygrała. W klasyfikacji końcowej wyprzedziły ją tylko dwie Finki: Virpi Kuitunen i Aino-Kaisa Saarinen. W sezonie tym Majdič praktycznie aż do ostatnich zawodów toczyła walkę o zwycięstwo w klasyfikacji generalnej z Polką Justyną Kowalczyk. Ostatecznie Kowalczyk okazała się lepsza, wyprzedzając Słowenkę o 100 punktów, trzecie miejsce zajęła Saarinen, której strata do Majdič wyniosła ponad 200 punktów. W klasyfikacji sprinterskiej Majdič po raz drugi w karierze okazała się najlepsza, a w klasyfikacji dystansowej była piąta. Na mistrzostwach świata w Libercu w lutym 2009 roku nie zdobyła medalu. W biegu łączonym na 15 km była dziewiąta, w sprincie techniką dowolną była dwunasta, a biegu na 10 km klasykiem zajęła piętnaste miejsce.