Drugi raz na „pudle” stanął w czeskim Harrachovie ustępując dominatorowi tamtego sezonu – Finowi Manninenowi i Niemcowi Hettichowi. Było to również podczas zawodów sprinterskich. Do końca sezonu jeszcze stanął na podium dwa razy. Najpierw w Oslo był drugi (za Tande), a potem wygrał ostatnie zawody w tej zimie w Sapporo wyprzedzając na mecie o 23 sekundy zwycięzcę Pucharu Świata, choć przed biegami miał tylko 5 sekund przewagi nad drugim zawodnikiem, a nad liderem PŚ 1 minutę i 6 sekund.
Sezon 2006/2007 Puchar Świata – 2. miejsce Lamy Chappuis w pierwszych zawodach w Ruce wygrał zawody metodą Gundersena, zostając pierwszym liderem Pucharu Świata. Koszulkę lidera utrzymał tylko przez tydzień. W Lillehammer był 5. i 4. przez co stracił żółty trykot na rzecz Moana (wtedy tracił zaledwie 5 punktów). Kolejne zawody w Ramsau nie był już tak udane w jednym z dwóch startów nawet nie zdobył punktów (był 42.), a w drugim starcie na finiszu przegrał z Moanem o 0,7 sekundy. W prestiżowym niemieckim Tourze był 12., ani razu nie stanął na podium;