Zaangażowanie w wojnie obronnej września 1939 Po wybuchu II wojny światowej Kann zgłosiła się do Polskiego Czerwonego Krzyża. Tamże przeszkolona pracowała później jako sanitariuszka, pomagając w roznoszeniu lekarstw do szpitali i punktów sanitarnych. Irena Lewandowska powierzyła Marii Kann organizację jednej z filii Szpitala Ujazdowskiego. Kann została kierowniczką Szpitala Wojskowego przy ulicy Siennej, za co została później odznaczona Srebrnym Krzyżem Zasługi. Kann współpracowała z Harcerskim Sanitariatem Warszawy od początku okupacji niemieckiej.
Działalność w czasie okupacji W latach 1940–1944 była działaczką podziemia kulturalnego oraz redaktorką konspiracyjnego czasopisma młodzieży lotniczej „Wzlot” oraz jednym z założycieli konspiracyjnego wydawnictwa „Załoga”. 3 listopada 1942 jako matka chrzestna, wraz z Zofią Kossak, uczestniczyła w Kościele Panien Kanoniczek w Warszawie przy ul. Bielańskiej w uroczystości poświęcenia sztandaru dla 1 Samodzielnej Brygady Spadochronowej. Poczet sztandarowy stanowili Cichociemni: mjr Maciej Kalenkiewicz ps. Kotwicz, por Jan Marek ps. Walka oraz ppor. Mieczysław Eckhardt ps. Bocian.