Historia wykopalisk Opuszczona w późnym antyku Willa w okresie średniowiecza traktowana była jako skład materiałów budowlanych dla okolicznych mieszkańców. W tym czasie miejsce to nazywano „stare Tivoli”. Pod koniec XV wieku została ponownie zidentyfikowana przez Flavio Biondo jako Willa Hadriana opisaną w „Historii Augusta”. Papież Aleksander VI Borgia wydał pozwolenie na prowadzenie pierwszych wykopalisk w Teatrze Odeon. Odkryto wtedy kilka posągów siedzących Muz, które obecnie znajdują się w Muzeum Prado w Madrycie (Hiszpania). Papież Pius II odwiedził ruiny Willi i opisał je – od tej pory miejsce to stało się sławne. thumb|260px|Powrót Hadriana z Tivoli (mal. Ettore Forti, kon. XIX w.) Pierwsze rozległe wykopaliska datowane są na połowę XVI wieku. Zostały zlecone przez kardynała Ferrary i gubernatora Tivoli Hipolita II d’Este (syna Lukrecji Borgia). Zatrudnił on architekta i antykwariusza Pirro Ligorìo, który przeprojektował Willę d’Este w Tivoli, zamieniając starą rezydencję biskupa w renesansowy pałacyk. Wykorzystał do jej dekoracji wykopane przez siebie posągi i detale architektoniczne. Cenną pozostałością prowadzonych przez niego prac wykopaliskowych są jego zapiski zebrane w trzech księgach, tzw. Kodach.