W kwietniu 1939 zmarł premier Joseph Lyons i Gowrie mianował tymczasowym premierem Earle’a Page’a. Była to jedyna okoliczność, kiedy gubernator decydował o obsadzie urzędów w Australii.
Gowrie starał się również zachować stabilność rządów australijskich, np. w 1940, kiedy to doszło do rozłamu w partii rządzącej UAP, Gowrie wezwał secesjonistów na audiencję i zażądał gwarancji, że poprą oni nowy rząd, co rzeczywiście nastąpiło. Podczas II wojny światowej wspierał brytyjską politykę, również udziałem w konflikcie wojska australijskiego. W 1943 przeprowadził inspekcję alianckich oddziałów w Australii i na Nowej Gwinei. Kadencja Gowriego dobiegła końca we wrześniu 1944, ale sprawował on swoje funkcje do przybycia kolejnego gubernatora, którym został Henryk Windsor, książę Gloucester.
Późniejsze życie W 1945 wrócił do Wielkiej Brytanii i został mianowany hrabią Gowrie. Otrzymał również tytuły zastępcy konstabla i gubernatora porucznika zamku Windsor. W 1948 został wybrany na prezesa Marylebone Cricket Club. Zmarł w swojej rezydencji w hrabstwie Gloucestershire.