W 1494 roku król Jan Olbracht zakupił wieś wraz z folwarkiem od Zygmunta z Brzezinek, syna Jana i odtąd wchodziła ona w skład dóbr królewskich. Pod koniec XVIII wieku dobra w Brzezince posiadał baron Karol Wacław Larisch, później były własnością Potockich z Zatora, a od drugiej połowy XIX wieku – Zwillingów.
W czasie II wojny światowej na terenie Brzezinki mieścił się największy oddział niemieckiego nazistowskiego obozu zagłady Auschwitz-Birkenau, a wieś została całkowicie wysiedlona.
W latach 1954–1972 wieś należała i była siedzibą władz gromady Brzezinka. W latach 1975–1998 miejscowość administracyjnie należała do województwa bielskiego.
W 1983 roku erygowano miejscową parafię Matki Bożej Królowej Polski.
Zabytki Obiekty wpisane do rejestru zabytków nieruchomych województwa małopolskiego. Ruiny „ziemniaczarek” i „kwaszarni” ul. Piwniczna.
Sport i wypoczynek We wsi działa założony w 1947 roku Ludowy Klub Sportowy Iskra Brzezinka, z którego wywodzi się Maciej Iwański, były piłkarz Legii Warszawa, późniejszy zawodnik Manisasporu i reprezentacji Polski. Klub występował w sezonie 2026/2027 w klasie B w grupie Oświęcim.