XP-49 został poważnie uszkodzony przy lądowaniu 1 stycznia 1943 po poważnej awarii w czasie lotu, kiedy zawiodły systemy elektryczne i hydrauliczne samolotu. W czasie kiedy go naprawiano dokonano w nim następnych modyfikacji; najważniejszą z nich było wydłużenie sterów pionowych o 19,7 centymetra. Następny lot prototypu odbył się dopiero 16 lutego 1943, a sam samolot został przekazany do wojska 26 czerwca 1943 – prawie 27 miesięcy później, niż pierwotnie planowano.
W tym czasie USAAF nie był już zainteresowany samolotem, jako że jego osiągi były gorsze od będącego już w użyciu P-38J oraz z powodu wielu kłopotów i problematycznej przyszłości silników Continental. Przy braku zainteresowanie USAAF samolot został przejęty przez Armię, która kontynuowała testowanie XP-49 na lotnisku Wright Field. Jednak z powodu wielu problemów z silnikami i układem paliwowym loty odbywały się stosunkowo rzadko. Ostatnim testem, w jakim wziął udział ten prototyp, była symulacja "twardego lądowania" – został on po prostu spuszczony z dźwigu na betonową powierzchnię lotniska. Ostatecznie został złomowany w 1946.