Życie prywatne Był synem Eugeniusza Kłoczowskiego, inżyniera rolnika, ziemianina, właściciela majątku Bogdany, oraz Ireny z domu Cichowskiej. Brat dominikanina Jana Andrzeja Kłoczowskiego. W 1947 zawarł związek małżeński z Krystyną z domu Mańkiewicz (1925–2012; jej siostrą była Hanna Dylągowa). Był ojcem m.in. literata Piotra Kłoczowskiego, filozofa Pawła Kłoczowskiego oraz tłumacza Jana Marii Kłoczowskiego. Zmarł 2 grudnia 2017.
Odznaczenia i wyróżnienia Odznaczony m.in. Orderem Orła Białego (2004), Krzyżem Srebrnym Orderu Virtuti Militari, Krzyżem Kawalerskim Orderu Odrodzenia Polski, Krzyżem Walecznych i Srebrnym Krzyżem Zasługi z Mieczami, ukraińskim Orderem „Za Zasługi” trzeciego stopnia (2008). W 2004 otrzymał statuetkę Przasnyskiego Koryfeusza. Jest również laureatem Nagrody Pojednania Polsko-Ukraińskiego. Laureat Nagrody Fundacji Jurzykowskiego, nagrody specjalnej „Przeglądu Wschodniego”, Nagrody Obojga Narodów Polski i Litwy, Nagrody „Rzeczpospolitej” im. Jerzego Giedroycia, medalu za zasługi dla KUL, Nagrody Honorowej im. Henryka Wereszyckiego i Wacława Felczaka. Był doktorem honoris causa Uniwersytetu w Grodnie, Akademii Kijowsko-Mohylańskiej, Wolnego Uniwersytetu w Berlinie i Uniwersytetu Sorbona w Paryżu. W 2011 został odznaczony odznaką honorową „Bene Merito”.