21 grudnia 2007 dokonał aktu apostazji z Kościoła katolickiego. Tym samym, zgodnie z Kodeksem prawa kanonicznego, na mocy samego prawa zaciągnął na siebie karę ekskomuniki, co podkreślili 23 stycznia 2008 przedstawiciele poznańskiej Kurii Metropolitalnej, w odpowiedzi na artykuł Artura Sporniaka o Tomaszu Węcławskim w „Tygodniku Powszechnym”. Decyzja Tomasza Węcławskiego dała okazję do dyskusji o wykładanych przez niego poglądach dotyczących Jezusa historycznego i początków chrześcijaństwa, toczonej na łamach „Tygodnika Powszechnego”.
30 kwietnia 2008 ożenił się i przyjął nazwisko żony: Polak. Określa się jako ateista.
Poglądy W książce System kościelny Tomasz Polak uznał chrześcijaństwo za „fantazmat”, który powstał w wyniku traumy uczniów Jezusa po fakcie jego śmierci oraz ostatecznego fiaska zapowiadanego królestwa Bożego. Wówczas dokonało się wtórne „ubóstwienie” mistrza z Nazaretu, a w perspektywie czasu coraz wyraźniejsze odejście od pierwotnego impulsu jego nauczania (zanurzonego w realiach ówczesnego judaizmu) w stronę budowy systemu kościelnego. W efekcie konstruowania nowej doktryny religijnej doszło do radykalnej reinterpretacji postaci Jezusa, która odeszła od wymiaru historycznego w stronę „świadomości sfantazmowanej”.