Na przełomie 1918 i 1919 r. na nieużytku przyszkolnym rozpoczął organizację pierwszego w Polsce przyszkolnego ogrodu zoologicznego. Pomagała mu młodzież szkolna (przynosząc ciekawy okaz można było zyskać na stopniu), absolwenci i władze miasta. Ogród zoologiczno-botaniczny i jego opiekun stały się wizytówką Zamościa. Stefan Miler fundusze zdobywał dając odczyty o ogrodzie i jego wpływie na wychowanie młodzieży w różnych miastach kraju. Pisał też do miejscowej prasy artykuły o charakterze patriotycznym, wiersze i satyry. Podpisywał je jako Miler. W latach 1934–1939 był członkiem Rady Miasta. 17 lipca 1938 r. gościł w zoo marszałka Edwarda Śmigłego-Rydza.
W latach 1934–1951 mieszkał w domu przy ulicy Peowiaków nr 7. Prawdopodobnie z jego inicjatywy, przed tym domem ustawiono wtedy popiersie marszałka Józefa Piłsudskiego. W czasie II wojny światowej pozostawał opiekunem zoo („niemieckie” miasto musiało mieć zoo). Mimo nacisków, szantażu, aresztowania córki, kilku miesięcy więzienia nie podpisał volkslisty. Działał w konspiracji i w tajnym nauczaniu. Po wyzwoleniu, 29 lipca 1944 r. otwierał patriotyczny wiec na Rotundzie, poświęcony pomordowanym tam mieszkańcom Zamojszczyzny. W 1953 r. zoo upaństwowiono, a Stefan Miler został jego pierwszym oficjalnym kierownikiem.