13 marca 2014 UTK nałożył na PKP LHS karę pieniężną za nieprawidłowości dotyczące oznakowania kontenera cysterny. 7 lipca weszła w życie poprawka w prawie unijnym dotycząca oddzielenia roli przewoźnika od zarządcy infrastruktury oraz rozpoczęto procedurę legislacyjną wersji projektu ustawy o zmianie ustawy o transporcie kolejowym i ustawy o publicznym transporcie zbiorowym. Związki zawodowe PKP LHS nie zgadzały się na podział spółki i napisały list otwarty do premier Ewy Kopacz, a także wysłały swoje stanowisko m.in. ministrom Januszowi Piechocińskiemu i Marii Wasiak.
Od 5 maja do 23 czerwca 2015 spółka testowała lokomotywę TE33A-9999. W ostatnim tygodniu testów pojazd poprowadził najdłuższy i najcięższy pociąg w historii przewoźnika, a także najdłuższy i najcięższy pociąg prowadzony jednym spalinowozem sześcioosiowym w Europie. Skład liczył 75 wagonów o łącznej długości 1107 m i masie brutto 6062 t.
Pod koniec kwietnia 2016 Parlament Europejski zdecydował o wyłączeniu PKP LHS z zapisu IV Pakietu Kolejowego, dzięki czemu przedsiębiorstwo będzie mogło zachować pełnione funkcje zarządcy infrastruktury i przewoźnika kolejowego.