Stronnik Cezara W 54 p.n.e. został jednym z dowódców w armii Cezara w Galii. Tu ponownie udowodnił swoje wysokie kompetencje dowódcy wojskowego choć wprowadzał swoją osobowością zamieszanie i swoim zachowaniem irytował nawet samego Cezara. Tym niemniej stał się oddanym stronnikiem tego ostatniego. Cezar powierzał mu coraz poważniejsze zadania militarne w Galii i jednocześnie wspierał jego karierę polityczną. W 52 p.n.e. przy poparciu Cezara został wybrany na urząd kwestora. W roku 50 został wybrany do kolegium augurów pokonując kandydata senackiego Lucjusza Domicjusza Ahenobarba. Swoje urzędowanie w charakterze trybuna ludowego w roku 49 p.n.e. poświęcił wspieraniu sprawy Cezara. Ówczesna sytuacja polityczna zdominowana była konfliktem Cezara i konserwatywnego skrzydła senatu pod przywództwem Pompejusza. Marek Antoniusz żądał w senacie, żeby oprócz Cezara, któremu kończył się drugi 5-letni okres władzy prokonsularnej w Galii, władzę nad wojskiem zdał również Pompejusz. Ten wniosek został odrzucony, a gwałtowne wystąpienia Antoniusza przeciwko wrogom Cezara doprowadziły do usunięcia Marka z senatu. Udał się na północ Italii do stacjonującego tam z wojskiem Cezara, dostarczając mu pretekstu do rozpoczęcia wojny. Po sławnym przekroczeniu Rubikonu, wojna domowa stała się faktem.