SBU prowadziła śledztwo w sprawie morderstwa dziennikarza Heorhija Gongadze, o którego zlecenie zamordowania oskarżano prezydenta Ukrainy Leonida Kuczmę. 6 lutego 2008 SBU opublikowała tzw. Księgę faktów, dokument mający być dowodem na brak udziału OUN-B w mordach dokonywanych podczas II wojny światowej na Żydach. Zdaniem wielu historyków, tak ukraińskich, jak i zagranicznych, źródło to jest mistyfikacją.
W 2009 r. formacji udało się ujawnić siedmiu szpiegów i szesnastu agentów obcych służb działających na terenie Ukrainy. W 2010 funkcjonariusze SBU mieli zastraszać działaczki kobiecego ruchu Femen.
Według oficjalnych danych ukraińskiej parlamentarnej Komisji Bezpieczeństwa Narodowego z lutego 2016, po aneksji Krymu przez Federację Rosyjską struktury SBU opuściło 10% personelu formacji.
21 grudnia 2017 funkcjonariusze SBU aresztowali dwóch ukraińskich urzędników państwowych pod zarzutem szpiegostwa na rzecz Rosji.
Podział Po reformie 14 października 2005 działalność wywiadowczą przejęła i prowadzi Служба зовнішньої розвідки України, Służba Zownisznioji Rozwidky Ukrajiny (pol. Służba Wywiadu Zagranicznego Ukrainy). SZR prowadzi wywiad jako jedyna służba specjalna poza Головне управління розвідки Міністерства оборони України (Głównym Zarządem Wywiadu Ministerstwa Obrony Ukrainy) – wywiad wojskowy.