Ochroną ścisłą objęto 7% powierzchni parku. Utworzono tu 10 obszarów ochrony ścisłej. Tylko dwa z nich są udostępnione do zwiedzania: Małe Gacno i Kacze Oko. Pozostałe to: Głuche, Olbracht, Rybie Oko, Kocioł, Kociołek, Błotko, Nierybno i Półwysep na jez. Ostrowie.
Flora Mimo mało urozmaiconych, ubogich i kwaśnych siedlisk, flora porostów, grzybów, mchów i roślin naczyniowych jest dosyć bogata. W parku stwierdzono występowanie ok. 22% wszystkich znanych gatunków mchów Polski i 11% znanych gatunków wątrobowców, a także 33% odnotowanych w kraju gatunków porostów. Wśród roślin naczyniowych stwierdzono 634 gatunki. Należą one do 96 rodzin, spośród których najliczniej reprezentowane są wiechlinowate (trawy), astrowate, turzycowate, motylkowate i różowate. 34 rodziny są w Parku reprezentowane tylko przez jeden gatunek.
W wodach jezior rośnie poryblin jeziorny, a także lobelia jeziorna, która w Polsce występuje w 130 jeziorach Pojezierza Pomorskiego. Inny oligotroficzny przedstawiciel flory jezior parku to elisma wodna. Niektóre z roślin mogą rosnąć także i w wodach dystroficznych – zalicza się do nich grążel drobny. W czterech jeziorach lobieliowych parku występują grzybienie północne;