Przed sądem występował sam, bez obrońcy. Został uznany za winnego wszystkich zarzucanych mu czynów (morderstwo i pięć przypadków piractwa) i powieszony 23 maja 1701 r. w tzw. Execution Dock w londyńskiej dzielnicy Wapping. Wieszany był dwukrotnie, bowiem za pierwszym razem lina się urwała. Jego ciało zostało włożone w żelazną klatkę i zawieszone nad brzegiem Tamizy jako przestroga dla innych, którym marzyłoby się piractwo. Jego towarzysze zostali również skazani, ale ułaskawiono ich tuż przed powieszeniem.
Członkowie opozycyjnej partii whigów wspierali Kidda podczas procesu. Chcieli zgromadzić pieniądze, by pokryć koszty obrony. Ich wysiłki nie zdały się na nic, zwłaszcza że w trakcie procesu zginęły ważne dla Kidda dokumentyDowodzące np., że co najmniej dwa ataki Kidda były atakami na jednostki pod banderą francuską, które niespodziewanie odnalezione zostały na początku XX wieku. Dokumenty te podważają, przynajmniej częściowo, winę Kidda. Wraz z dokumentami ze statku zabrano wiele cennych przedmiotów, które sprzedano na aukcji w Nowym Jorku jako „łupy pirackie”.