Podczas arabskiego powstania w Palestynie (1936–1939) niektórzy mieszkańcy dołączyli do oddziałów żydowskiej policji mandatowej. Brytyjczycy wybudowali wówczas w dolinie kilka fortów policji Fort Tegart. W czerwcu 1938 roku powstał kibuc Allonim, który był typową osadą rolniczą z palisadą obronną i wieżą obserwacyjną. Podczas II wojny światowej Brytyjczycy w rejonie Afuli utworzyli kilka ważnych baz wojskowych. W 1942 roku powstała baza lotnicza Royal Air Force Megiddo oraz baza lotnicza RAF Ramat Dawid. Natomiast w samej Afuli, w pobliżu posterunku policji utworzono obóz dla włoskich jeńców wojennych. Naprzeciwko szpitala utworzono bazę wojskową, w której stacjonowali żołnierze z Australii i Południowej Afryki. W listopadzie 1942 roku mieszkańcy Afuli udzielili schronienia żydowskim uciekinierom z nazistowskiej Europy. Podczas wojny w wielu okolicznych żydowskich osadach utworzono bazy kompanii szturmowych Palmach. Pod koniec 1941 roku Brytyjczycy utworzyli pierwszy Samorząd Regionu Emek Jizre’el. Samorząd ten obejmował na początku osady Balfurja, Dawerat (utworzona w październiku 1946), Ginnegar, Kefar Gidon, Merchawja (kibuc i moszaw), Mizra i Tel Adaszim. W kolejnych latach dołączały do nich kolejne osady.