W 2008 otrzymała nagrodę dla najlepszego komisarza UE ufundowaną przez czasopismo „European Agenda”.
W wyborach do Parlamentu Europejskiego w 2009 startowała z listy Narodowego Ruchu na rzecz Stabilności i Postępu, uzyskując mandat deputowanej z najlepszym wynikiem w kraju. Zrezygnowała z jego objęcia, pozostając w składzie Komisji Europejskiej.
Chociaż należała do najlepiej ocenianych komisarzy, nowy premier Bułgarii Bojko Borisow, niedługo po wygraniu przez jego partię GERB wyborów parlamentarnych, zapowiedział, że Meglena Kunewa nie otrzyma ponownej nominacji. Zamiast niej wybrał minister spraw zagranicznych ze swojego rządu Rumjanę Żelewą, która jednak zrezygnowała w wyniku zarzutów o zatajenie udziałów w firmie konsultingowej oraz o konflikt interesów, po czym zastąpiła ją Kristalina Georgiewa.
Po odejściu z Komisji Europejskiej została doradcą Siima Kallasa. Weszła również w skład rady dyrektorów grupy bankowej BNP Paribas. Objęła też funkcję przewodniczącej rady zarządzającej think tanku European Policy Centre.