Spośród dużej liczby istniejących toolboksów wymienić można: Financial Toolbox – przeznaczony do analiz i obliczeń finansowych (planowanie stałych przychodów, badanie wydajności obligacji, kalkulacja przepływu gotówki, obliczanie stóp procentowych etc.). Fuzzy Logic Toolbox – środowisko do projektowania i diagnostyki inteligentnych układów sterowania wykorzystujących metody logiki rozmytej i uczenie adaptacyjne. Image Processing Toolbox – programowe narzędzia do przetwarzania obrazów. Mapping Toolbox – przeznaczony do analizy informacji geograficznych i wyświetlania map, z możliwością dostępu do zewnętrznych źródeł geograficznych. Neural Network Toolbox – zbiór funkcji do projektowania i symulacji sieci neuronowych. Symbolic Math Toolbox – zestaw funkcji do obliczeń symbolicznych – rozszerza możliwości programu MATLAB o możliwość wykonywania obliczeń symbolicznych. Partial Differential Equation Toolbox – zestaw funkcji do numerycznego rozwiązywania równań różniczkowych cząstkowych metodą elementów skończonych. Simulink – pakiet służący do modelowania, symulacji i analizy układów dynamicznych.