Eparchia preszowska odrodziła się w 1968, po referendum, przeprowadzonym na polecenie władz w parafiach prawosławnych. W efekcie 205 parafii wróciło do grekokatolicyzmu, a tylko 5 zostało przy prawosławiu. 17 lipca 1968 odtworzono greckokatolicką siedzibę biskupią w Koszycach, początkowo zarządzaną przez księży Andreja Zimę, Jana Murina i Stefana Ujhelyi’ego. 2 kwietnia 1969 tymczasowym zarządcą eparchii preszowskiej został mianowany ks. Ján Hirka, który przeniósł siedzibę biskupią z powrotem do Preszowa. Mimo formalnego zezwolenia na działalność cerkwi greckokatolickiej w latach 70. i 80. XX wieku komunistyczne władze nadal ją prześladowały: nie dopuszczano do wyświęcania potrzebnej liczby księży, nie zezwolono na powołanie biskupa, nie zwrócono cerkwi zajętych przez cerkiew prawosławną. Najbardziej dotkliwy okazał się brak w eparchii księży i biskupa. Parochowie, z reguły w podeszłym już wieku, musieli obsługiwać po kilka parochii, a po śmierci biskupa Hopki w 1976 święceń kapłańskich musieli udzielać biskupi Križevci w Jugosławii. W 1990 jeden ksiądz przypadał na 1691 wiernych.