Historia Osada Gan Jawne została założona w 1931 jako rolniczy moszaw. Grupa założycieli składała się z żydowskich imigrantów z Rosji i Polski, którzy przeszli szkolenie rolnicze w rejonie miasta Ra’ananna. W 1930 rozpoczęli negocjacje w sprawie zakupu ziemi i rok później założyli własną osadę rolniczą. W 1936 posiadali dużą plantację cytrusów.
Moszaw posiadał po stronie zachodniej i południowej sąsiedztwo sześciu arabskich wiosek, co stało się niezwykle uciążliwe podczas wojny domowej w Palestynie w 1947 i 1948. W okolicy dochodziło do licznych incydentów zbrojnych, co zmusiło żydowską organizację paramilitarną Hagana do zdobycia przewagi militarnej w całym obszarze Gan Jawne. W dniu 13 maja 1948 żołnierze Hagany zajęli i wyludnili arabską wioskę Barka, której ziemie weszły po wojnie w obszar Gan Jawne. Podczas I wojny izraelsko-arabskiej z moszawu operowały Siły Obronne Izraela. W 1950 Gan Jawne otrzymało status samorządu lokalnego. W tym samym roku miasteczko przyjęło dużą grupę imigrantów z Jemenu, przybyłych do Izraela w wyniku operacji Latający Dywan. W latach 60. XX wieku osiedlili się tutaj imigranci z Afryki Północnej i Kurdystanu. W kolejnych latach dołączyli do nich przybysze z Etiopii i Tunezji, a w latach 90. dużą ilość imigrantów z krajów byłego ZSRR.