Kanizjusz nauczał, że choć jest wiele dróg wiodących do zbawienia, jego zdaniem najlepszą jest oddanie się Najświętszej Marii Pannie. W kazaniach i listach widać koncentrację na kulcie maryjnym. Główną modlitwą, przy pomocy której wyjaśnia kult maryjny, jest dla niego Zdrowaś Maryjo. Mniej znane są jego książki maryjne, w których zawarte są modlitwy i teksty kontemplacyjne. Uważa się, że to on dodał do tej modlitwy zwrot „Święta Mario, Matko Boża, módl się za nami grzesznymi”, który 11 lat później w 1566 został włączony do katechizmu na Soborze trydenckim. Bronił mariologii katolickiej w wydanej w 1577 książce „De Maria Virgine Incomparabili et Dei Genitrice Sacrosancta Libri Quinque”, która – choć z punktu widzenia obecnej teologii zawiera oczywiste błędy w doborze źródeł – uznawana jest za wybitny przykład XVI-wiecznej teologii.
Kanizjusz w roku 1558 odwiedził na krótko Polskę. Utrzymywał bliskie stosunki z kardynałem Stanisławem Hozjuszem.