Ignacego Mielżyńskiego miasto zostaje wyzwolone, a wojska 12 Dywizji Strzeleckiej okupujących miasto pokonane.
We wrześniu 1921 roku miasto liczyło 11 903 mieszkańców. W XX-leciu międzywojennym Brodnica zostaje miastem garnizonowym, na terenie którego stacjonuje 67 Pułk Piechoty. Z powodu bliskości granicy z Niemcami staje się także miastem pogranicza.
W pierwszych dniach września 1939 roku Brodnica znalazła się pod okupacją niemiecką. Miesiąc później miasto wraz z całym powiatem zostało wcielone do Rzeszy jako część rejencji kwidzyńskiej Okręgu Gdańsk-Prusy Zachodnie. Lucyna Langer szacuje, iż w latach 1939–1945 Niemcy zamordowali ok. 650 mieszkańców powiatu brodnickiego, przy czym 1/5 ofiar miała pochodzić z samej Brodnicy. Stefan Bilski oceniał z kolei liczbę zamordowanych na ok. 1000. Najwięcej ofiar pochłonęła tzw. akcja politycznego oczyszczania terytorium przeprowadzona jesienią 1939 roku. Niemcy aresztowali wówczas ok. 450–500 mieszkańców Brodnicy i okolicznych miejscowości. Większość z nich została następnie rozstrzelana w lesie koło majątku Birkenek (Brzezinki) w gminie Zbiczno. thumb|Pomnik poświęcony pomordowanym w lesie Birkenek