W roku 1947 Burnley ponownie dotarło do finału Pucharu Anglii, w którym przegrało z Charltonem Athletic. W sezonie 1959/1960 Burnley zostało po raz drugi mistrzem kraju, zaś dwa lata później dotarli do finału krajowego pucharu, przegranego z Tottenhamem Hotspur. W latach 60. klub dwukrotnie startował w Pucharze Miast Targowych.
W sezonie 1975/1976 Burnley spadło do drugiej ligi, Second Division, zaś cztery lata później występowali już o klasę rozgrywkową niżej. Pod koniec lat 80. zespół przez siedem sezonów występował na czwartym szczeblu rozgrywkowym. Od sezonu 1992/1993 grali na zmianę w drugiej i trzeciej lidze. W sezonie 2008/2009 klub doszedł do finału Pucharu Ligi oraz zajął szóste miejsce w Championship, ostatnie dające grę w barażach. Klub dotarł do finałów play-offów, w których pokonał Sheffield United i awansował do Premier League.