Z tego powodu dochodziło do poważnych konfliktów pomiędzy kolonizatorem a jego pracownikami.
Za odmowę zdjęcia szkaplerza, za głoszenie Dobrej Nowiny, oraz za namawianie innych robotników do przyjęcia chrztu, Izydor został dwukrotnie wychłostany (25 i 200 razów), przy czym, przy drugiej serii użyto bicza zakończonego gwoździami. Biczowanie i umieszczenie go na 4 dni w wędzarni kauczuku, stanowiło początek jego męczeńskiej, sześciomiesięcznej agonii spowodowanej infekcją ran. Zmaltretowanego, konającego i porzuconego w lesie Izydora, przewiózł do pobliskiej wioski (Ngomb'Isongu) inspektor plantacji kauczuku, powierzając go opiece miejscowych chrześcijan.
Sześć miesięcy powolnego umierania, ze szkaplerzem, różańcem i modlitwą, zaświadczyło o jego heroicznej wierze. Izydor powtarzał:
Izydor Bukanja zmarł mając ok. 24 lata.
Kult Heroiczna postawa i śmierć Izydora Bakanja sprawiły, że wzrosły masowe nawrócenia jego rodaków. Jego grób w Bokote (Prowincja Równikowa w RPA) był zawsze otaczany szczególną czcią, a drewniany krzyż upamiętniał miejsce jego męczeństwa.