W 1773 roku, przed kasatą zakonu jezuitów, w konwencie żyło 26 zakonników. Po kasacie gmachy kościelne i klasztorne przejął zakon pijarów, którzy wkrótce sprzedali część klasztoru na koszary, a w pozostałej części do połowy XIX wieku prowadzili kolegium i drukarnię. W 1844 roku w związku z rozwiązaniem zakonu ich placówka została zamknięta. W 1792 roku przy kościele została erygowana parafia.
W czasie wojny Napoleona z Rosją w 1812 roku kościół został zniszczony przez wojska francuskie idące na Moskwę. W 1832 roku, po stłumieniu powstania listopadowego kościół został zamieniony na magazyn armii carskiej. Do użytku sakralnego przywrócono go w 1860 roku.
21 marca 1870 r. wikariusz ks. Stanisław Piotrowicz rozdarł na ambonie rosyjski modlitewnik, spalił wyrwane kartki i wygłosił kazanie w obronie Kościoła, za co został skazany na zesłanie do guberni archangielskiej, gdzie przebywał 24 lata.