Od roku 1990 jest rektorem uniwersyteckiego kościoła pw. Najświętszego Salwatora w Pradze i przewodniczącym Czeskiej Akademii Chrześcijańskiej (po śmierci jej założyciela ks. Josefa Zvěřiny). W tym samym roku papież Jan Paweł II mianował Halíka konsultantem Papieskiej Rady do dialogu z niewierzącymi na okres dwóch lat. Od roku 1993 wykłada religioznawstwo na Wydziale Filozoficznym Uniwersytetu Karola. Głosił również wykłady w Oxfordzie i Cambridge oraz był jednym z ekspertów czeskiego prezydenta Václava Havla.
W roku 2008 został mianowany przez papieża Benedykta XVI prałatem honorowym Jego Świątobliwości.
Jest znany ze swego zaangażowania w życiu społecznym, publicznych wypowiedzi na temat problemów dyskryminacji rasowej, tematy polityczne i religijne oraz procesu sekularyzacji i integracji europejskiej. Jego myśli są często przywoływane na internetowych stronach nierzymskokatolickich biskupów czeskich np. Antonína Jelínka.
Odznaczenia Odznaczony Krzyżem Kawalerskim Orderu Zasługi Rzeczypospolitej Polskiej (2011) oraz Krzyżem Oficerskim niemieckiego Orderu Zasługi RFN (2019). W 2024 odznaczony Orderem Tomáša Garrigue Masaryka I klasy.