Von Schill zasłynął wojną podjazdową na Pomorzu przeciwko armii napoleońskiej, w tym Polakom. Szczególny rozgłos dało mu wzięcie do niewoli w styczniu 1807 w Choszcznie francuskiego generała Claude’a Victora Perrina, którego zadaniem miało być obleganie Kołobrzegu. Victor znalazł się w Kołobrzegu, jako jeniec. Następnie von Schill walczył na Pomorzu Szwedzkim. W kwietniu 1808 Ferdinand von Schill został dowódcą 2. Brandenburskiego Pułku Huzarów, złożonego z byłych kawalerzystów swojego freikorpsu. 28 kwietnia 1809 Schill, pod pretekstem manewrów, opuścił ze swym szwadronem Berlin i zaczął wojnę partyzancką. Opanował Dessau i Halle.
31 maja 1809 oddziały napoleońskie, złożone z Holendrów i Duńczyków, pod dowództwem generałów: holenderskiego Pierre’a Gratiena i duńskiego Johanna von Ewalda rozbiły oddział Schilla w Stralsundzie. Schill zginął w walkach ulicznych.
Po śmierci Po opanowaniu Stralsundu przez wojska napoleońskie zwłokom Schilla odcięto głowę. Dekapitacji dokonał francuski oficer służby zdrowia Genoux. Głowę Schilla Holendrzy zawieźli do Kassel, by odebrać wysoką nagrodę (10 tysięcy franków) wyznaczoną przez króla Westfalii Hieronima Bonapartego.