Ponadto utworzona została, jako jednostka administracyjna, prowincja małopolska, która obejmowała również Podlasie, Ruś Czerwoną, Podole, Wołyń, Ukrainę. Nie należy jej jednak mylić z właściwą Małopolską jako regionem historycznym.

W 1609 roku król Zygmunt III Waza przeniósł stolicę Polski z Krakowa do Warszawy i tym samym przyczynił się do zahamowania rozwoju Krakowa oraz spadku jego znaczenia.

Czasy zaborów thumb|Podział administracyjny Królestwa Polskiego w 1831 r. Mapa przedstawia podział z lat 1816–1844 W efekcie rozbiorów Małopolska stała się częścią Monarchii Habsburgów i w niewielkiej części Królestwa Prus. W 1770 r. Austria przejęła powiaty nowotarski, nowosądecki i czorsztyński, w ramach I rozbioru – południową Małopolskę do Wisły, w ramach II rozbioru Prusy zajęły północno-zachodnią Małopolskę z Częstochową, a w ramach III rozbioru w skład Austrii weszły terytoria między Pilicą i Bugiem wraz z Krakowem, Sandomierzem, Radomiem, Kielcami i Lublinem. Tereny otrzymane przez Austrię w 1795 nazwano Nową Galicją (w odróżnieniu od