Latem 2003 Doni odszedł do Sampdorii. W ciągu dwóch sezonów tylko siedem razy wpisał się na listę strzelców i w 2005 przeniósł się do hiszpańskiej Mallorki. Tam jednak także zawiódł i po nieudanym sezonie powrócił do Atalanty BC. W ekipie „Nerazzurrich” odzyskał dawną skuteczność i dwa razy z rzędu okazał się najlepszym strzelcem zespołu. 28 grudnia 2007 został wybrany do jedenastki roku Serie A według La Gazetta dello Sport. W sezonie 2009/2010 Doni razem ze swoim klubem spadł do Serie B.
W sierpniu Doni został zdyskwalifikowany przez włoską federację na trzy i pół roku. Piłkarz twierdził, że jest niewinny. W Grudniu przyznał się do zarzucanych mu zarzutów, zaprzeczył jednak jakoby miał znajdować się w tzw. międzynarodowej grupie ustawiaczy meczów piłkarskich.
Kariera reprezentacyjna W reprezentacji Włoch Doni zadebiutował 7 listopada 2001 w zremisowanym 1:1 towarzyskim meczu z Japonią, w którym strzelił gola. Rok później Giovanni Trapattoni powołał go do 23–osobowej kadry „Squadra Azzura” na mistrzostwa świata. Na azjatyckich boiskach Włosi dotarli do 1/8 finału, gdzie zostali wyeliminowani przez współgospodarzy turnieju – Koreę Południową.