W kolejnych wyborach w 1996 konserwatyści odnieśli znaczący sukces, zajmując w nich pierwsze miejsce. Partia otrzymała 29,80% głosów (w głosowaniu na listy krajowe), uzyskując łącznie 70 mandatów w 141-osobowym parlamencie. Vytautas Landsbergis objął stanowisko przewodniczącego Sejmu, inny z liderów Związku Ojczyzny, były premier Gediminas Vagnorius, po raz drugi stanął na czele rządu (w koalicji z chadekami). Po jego dymisji (w maju 1999) na skutek konfliktu z prezydentem Valdasem Adamkusem konserwatyści do końca kadencji współtworzyli kolejne rządy kierowane przez swoich działaczy (Rolandasa Paksasa i Andriusa Kubiliusa).
Partia w tym okresie traciła na popularności, przechodziła też kolejne rozłamy. W październiku 1999 grupa działaczy pod przywództwem Laimy Andrikienė i Vidmantasa Žiemelisa (posłów oraz sygnatariuszy aktu niepodległości) utworzyła Ojczyźnianą Partię Ludową. W lipcu 2000 stronnicy Gediminasa Vagnoriusa (w tym kilkunastu deputowanych) powołali własne ugrupowanie pod nazwą Umiarkowany Związek Konserwatywny. W tym okresie partię opuścił też Rolandas Paksas, wówczas mer Wilna, stając się liderem Litewskiego Związku Liberałów.