W kolejnych startach jeszcze dziesięć razy stawał na podium: 12 stycznia 2003 w Otepää był trzeci na 30 km stylem klasycznym, 15 lutego 2003 w Asiago wygrał bieg na 10 km stylem klasycznym, 8 marca 2003 w Oslo wygrał bieg na 50 km stylem klasycznym, 13 grudnia 2003 w Davos wygrał bieg na 15 km stylem klasycznym, 16 grudnia 2003 w Val di Fiemme był trzeci w sprincie stylem dowolnym, 17 stycznia 2004 w Novym Měscie był najlepszy na 15 km stylem klasycznym, 7 marca 2004 w Lahti był trzeci na 15 km stylem dowolnym, 8 stycznia 2005 w Otepää wygrał bieg na 15 km stylem klasycznym, 12 marca 2005 w Oslo zwyciężył na dystansie 50 km klasykiem, a 16 stycznia 2010 w Otepää zajął drugie miejsce na 15 km stylem klasycznym. W sezonach 2002/2003 i 2003/2004 zajmował 7. miejsce w klasyfikacji generalnej.
Podczas mistrzostw świata w Ramsau w 1999 wywalczył srebro w biegu na 50 km stylem klasycznym, przegrywając tylko z Miką Myllylą. Na rozgrywanych dwa lata później mistrzostwach świata w Lahti Veerpalu został mistrzem świata w biegu na 30 km stylem klasycznym, wyprzedzając Norwega Frode Estila i Rosjanina Michaiła Iwanowa. Na mistrzostwach świata w Val di Fiemme w 2003 był czwarty w biegu na 30 km klasykiem, przegrywając walkę o medal z Estilem o 0,8 sekundy.