Fabuła W 1998 roku aktywność UFO znacząco się zwiększa. Szerzą się plotki o uprowadzeniach i atakach przeprowadzanych przez tajemniczych Obcych. W celu obrony przed agresorem powołana zostaje na międzynarodowej konferencji w Genewie dnia 11 grudnia 1998 roku organizacja o nazwie X-COM (akr. od Extraterrestrial Combat Unit), którą kieruje gracz.
1 stycznia 1999 rozpoczyna działalność pierwsza baza X-COM, rozpoczyna się „pierwsza wojna z obcymi” (First Alien War). Organizacja napotyka kolejne rasy Obcych odpowiedzialne za najazd na naszą planetę, zdobywa coraz większą wiedzę o nich i ich wyposażeniu przez badania naukowe, w końcu opanowuje ich technologię do produkcji własnych pojazdów i broni.
Rosnąca aktywność Obcych wymaga od X-COM częstych interwencji poza bazą – Obcy terroryzują wielkie miasta, ale też lądują na planecie w różnych miejscach, a nawet budują własne bazy i atakują te należące do X-COM. Równie ważny jest aspekt ekonomiczny – niezadowolone z dużej aktywności Obcych na swoim terenie państwa członkowskie mogą nie tylko zwiększać lub zmniejszać swój udział w dofinansowaniu X-COM, ale wręcz wycofać się z niego i zawrzeć pakt z Obcymi.