Najbardziej znane przykłady zależności izozym-efekt terapeutyczny to: dehydrogenaza dihydropirymidynowa – usuwanie 5-fluorouracylu (zagrażająca życiu toksyczność leku u pewnych homozygot) CYP 2D6 – aktywacja tamoksyfenu (homozygoty względem pewnej mutacji nie wytwarzają jednej z form aktywnych leku – endoksyfenu) UDP glukuronozylotransferaza 1A1 – metabolizm irynotekanu (podwyższona toksyczność u homozygotycznych mutantów) Oceny alleli obecnych u pacjenta (np. za pomocą technologii mikromacierzy) może być w przyszłości ważnym kryterium doboru leczenia onkologicznego (przykład: terapia raka piersi). Pole zainteresowania farmakogenomiki sytuuje się pomiędzy typowym wykorzystaniem markerów a klasycznymi badaniami genetycznymi.
Krytyka Swoistość i czułość markerów jest bardzo różna; stosunkowo mała ilość została uznana za w pełni wiarygodne i pewne źródło wiedzy o chorobie (stopień 1-2 w klasyfikacji LOE). Do tego nielicznego grona należą m.in. testy na receptory ER i HER2 w wypadku raka piersi. Studiowanie właściwości markerów nowotworowych jest prężnie rozwijającą się dyscypliną medyczną;