likwidacja modlitw w szkołach i zastąpienie ich apelami (1954), likwidacja nauki religii w szkołach zawodowych, żądania ukarania księży „łamiących praworządność ludową” i usunięcia rektora seminarium „Hosianum” Józefa Łapota. W sprawach tych Biskupski nie zabierał krytycznego głosu, potrafił natomiast przesunąć termin uroczystości zakończenia jubileuszowego Roku Maryjnego w grudniu 1954, by nie kolidował on z wyborami do rad narodowych, czy przypominać o obowiązku meldunkowym zakonników przybywających na rekolekcje wielkopostne, co w praktyce dawało władzom możliwość odmowy meldunku i tym samym zorganizowania rekolekcji. W piśmie z lutego 1955 Biskupski zwracał uwagę, by tematyka rekolekcji miała wyłącznie charakter religijny („omawianie prawd wiary winno mieć charakter pozytywny bez ustosunkowywania się do osób lub instytucji odmiennych ideologicznie”).
Oceniany przez władze jako osoba lojalna, w 1955 został przedstawiony do odznaczenia państwowego. Pracę na stanowisku wikariusza kapitulnego zakończył jesienią 1956 po wydarzeniach październikowych – 28 listopada 1956 prymas Wyszyński przyjął jego rezygnację.