Ostatecznie 24 kwietnia 2007 sąd z Chicago go uniewinnił.
Do gry powrócił dopiero 6 stycznia 2006 w meczu przeciwko Atlanta Hawks. Zagrał w nim 30 minut i zdobył 9 punktów. Do końca sezonu nie opuścił już żadnego meczu, a w starciu z Cleveland Cavaliers, rozegranym 17 kwietnia 2006 pobił rekord kariery, rzucając 23 punkty. Sezon zakończył rzucając średnio 7.2 punktu, a także dodając do tego 2,2 zbiórki, 1,3 asysty i 1 przechwyt na mecz.
2006-2007 26 października 2006 Boston Celtics skorzystali z zapisu w kontrakcie Allena i przedłużyli go do końca rozgrywek 2007/08. 15 grudnia 2006 pobił ponownie rekord kariery, zdobywając tym razem 30 punktów w spotkaniu przeciwko Denver Nuggets. Z kolei 7 stycznia 2007 w meczu przeciwko Orlando Magic zanotował aż 7 przechwytów, bijąc także w tej kategorii rekord kariery. 10 stycznia 2007 w końcówce spotkania przeciwko Indiana Pacers, Allen doznał poważnej kontuzji kolana. Doszło do niej podczas lądowania po efektownym wsadzie już po przerwaniu akcji przez sędziego gwizdkiem. Allen zerwał zarówno przednie, jak i tylne więzadła krzyżowe, co oznaczało dla niego koniec gry w sezonie 2006/07.