2011-2012 Kolejne rozgrywki Allen rozpoczął w pierwszej piątce u boku Rudy'ego Gaya. W całym sezonie tylko raz rozpoczął mecz jako rezerwowy. Grał średnio ponad 26 minut na mecz i trzykrotnie przekraczał granicę 20 punktów zdobytych w jednym meczu. 23 kwietnia 2012 ustanowił rekord życiowy, notując aż 8 przechwytów w meczu przeciwko Cleveland Cavaliers. Na koniec sezonu znów był na piątym miejscu wśród najlepiej przechwytujących w lidze ze średnią 1,79 na mecz. Jego reputacja świetnego obrońcy wzrosła i tym razem został wybrany do pierwszej piątki najlepszych defensorów ligi. Został też wybrany najlepszym obrońcą na obwodzie przez generalnych menadżerów wszystkich drużyn NBA.
2012-2013 Przed sezonem przeszedł operację kolana. Miała ona miejsce na tyle wcześnie, że nie zaburzyła przygotowań do nowego sezonu. 10 listopada w meczu przeciwko Houston Rockets potwierdził swoją świetną grę w obronie. Zatrzymał Jamesa Hardena na 18 punktach, a także skuteczności 4/18 z gry - 22,2%. Był to w tamtym momencie najgorszy mecz Hardena w sezonie. 3 stycznia 2013 rozegrał najlepszy mecz w sezonie, przeciwko swojej byłej drużynie - Boston Celtics. Zdobył 15 punktów, 5 zbiórek, 2 asysty i 1 przechwyt.