Jego młodszy brat Christopher Masterson to również aktor, grał w serialu Zwariowany świat Malcolma i komedii Straszny film 2.

Gościł kilkukrotnie w programach Punk'd i Mad TV. Został współwłaścicielem Dolce, restauracji założonej wraz z innymi gwiazdorami Różowych lat siedemdziesiątych – Ashtonem Kutcherem i Wilmerem Valderramą.

Pojawił się jako Hyde w teledysku Cheap Trick „Out In the Street” (1999) i jako DJ w wideoklipie Eduardo Fresco i Claytona Vice „The Way I Fiesta” (2011).

Często występuje jako DJ w nocnych klubach w Los Angeles pod pseudonimem DJ Donkey Punch. Jest jednym z prowadzących program radiowy o nazwie Feel My Heat w stacji Indie 103.1 w LA.

Masterson jest członkiem Kościoła Scjentologów. W grudniu 2005 współpracował w kampanii promującej otwarcie kontrowersyjnego muzeum scjentologów o nazwie Psychiatria: Przemysł Śmierci, w którym znaleźć można próby rozwinięcia teorii konspiracyjnej wiążącej Adolfa Hitlera ze spiskiem psychiatrów próbujących osiągnąć dominację nad światem.

Od 2005 spotykał się z aktorką Bijou Phillips. W 2009 zaręczyli się, a 18 października 2011 wzięli ślub. Mają córkę (ur. 14 lutego 2014). We wrześniu 2023 Philips złożyła pozew o rozwód.