Mimo zadowalającego stanu ogólnego, badania związane z realizacją Dyrektywy rybnej i Dyrektywy azotanowej wykazały, że jej wody w 2008 nie spełniały warunków odpowiednich dla hodowli ryb karpiowatych i łososiowatych, a głównymi mankamentami był poziom azotynów i fosforu ogólnego. Poziom azotanów na stacji Rokitki (56,1 km od ujścia) wynosił 22,14mg NO3/l natomiast w stacji Gdańsk, ul. Olszyńska (1,8 km od ujścia) 9,52mg NO3/l.
Zagospodarowanie Dolny bieg rzeki na terenie Gdańska, od Mostu Zielonego do ujścia wraz z fragmentem Nowej Motławy poniżej Mostu Stągiewnego wchodzi w skład obszaru morskiego portu GdańskGranice portu morskiego w Gdańsku są określone rozporządzeniem Ministra Transportu i Gospodarki Morskiej z 1998 roku, zob. .
Na Motławie znajdują się łowiska ryb, którymi zarządza Spółdzielnia Rybołówstwa i Przetwórstwa „Troć” w Tczewie.
Wzdłuż biegu Motławy od Tczewa do Gdańska znajduje się znakowany czerwony szlak turystyczny PTTK – Szlak Motławski.