pod przewodnictwem księdza Aksamitowskiego, który za pochód na groby powstańców styczniowych został aresztowany przez władzeKs. Jan Zieja: Życie Ewangelią: spisane przez Jacka Moskwę. Kraków: Wydawnictwo Znak, 2010. .. W 1907 Jan Zieja podjął naukę w warszawskim gimnazjum im. Chrzanowskiego, którą następnie wznowił w roku 1910, po dwuletniej przerwie spowodowanej problemami finansowymi, w warszawskim gimnazjum im. Stanisława Kostki.
Już w okresie szkolnym udzielał się społecznie – był harcerzem, brał czynny udział w wydawaniu i kolportażu pisma „Lud Polski” oraz wstąpił do Narodowego Związku Chłopskiego. W roku 1915 ukończył gimnazjum, lecz z powodów politycznych nie uzyskał świadectwa maturalnego.
Mimo to, w tym samym roku wstąpił do seminarium duchownego w Sandomierzu. 5 lipca 1919 uzyskał z rąk biskupa Mariana Ryxa święcenia kapłańskie. W tym samym roku podjął studia teologiczne na Uniwersytecie Warszawskim. Podczas wojny polsko-bolszewickiej w 1920 zgłosił się na ochotnika do wojska jako kapelan. Służbę tę pełnił w 8 Pułku Piechoty Legionów. W Wojsku Polskim został mianowany kapelanem rezerwy ze starszeństwem z dniem 1 czerwca 1919. Po wojnie wznowił studia. W 1922 spędził pół roku w Rzymie, studiując tam w Instytucie Biblijnym i Wschodnim.