W tym okresie pełnił funkcje duszpasterskie w organizacjach konspiracyjnych: był kapelanem przy Komendzie Głównej AK, Szarych Szeregów oraz Batalionów Chłopskich. Współpracował z Frontem Odrodzenia Polski oraz Radą Pomocy Żydom „Żegota”, której dostarczał katolickie metryki chrztu, konieczne do zmiany tożsamości ukrywających się ludziWładysław Bartoszewski: O Żegocie relacja poufna sprzed pół wieku. Warszawa: Wydawnictwo Naukowe PWN, 2013. ..

W trakcie powstania warszawskiego był kapelanem pułku „Baszta” walczącego na Mokotowie. Po upadku powstania trafił do obozu przejściowego w Pruszkowie, a następnie został wywieziony na roboty do Niemiec. thumb|Pomnik Powstańców Warszawskich w Słupsku Po zakończeniu wojny trafił na Ziemie Odzyskane, do Słupska. W latach 1945–1949 wypełniał różne funkcje kościelne w tamtejszych parafiach, aktywnie włączając się również w działalność charytatywną (organizacja Domu Matki i Dziecka, kuchni dla ubogich) oraz społeczną (utworzenie biblioteki, Uniwersytetu Ludowego, oraz pierwszego i jedynego przez długi czas pomnika Powstańców Warszawskich).