Zespół występował w Mistrzostwach Okręgu Temesz, uzyskując certyfikat klubu sportowego. Nowy klub kupił od Drăgășani prawo grać od sezonu 2003/04 w Divizia C. W pierwszym sezonie zajął pierwsze miejsce i awansował do Divizia B. Jednak debiut był nieudany - ostatnie 16 miejsce i spadek do trzeciej ligi. W sezonie 2006/07 zespół zajął ostatnie 18 miejsce w Serii II Ligi III i spadł do czwartej ligi.
W 2004 roku rozpoczął się spór pomiędzy włoskim właścicielem FC Politehnica Timișoara Claudio Zambonem i Marianem Iancu, który finansował FCU Politehnica Timișoara na prawa klubu o nazwie Politehnika.
Spór pomiędzy Claudio Zambonem a Marianem Iancu dotarł do Trybunału Arbitrażu Sportowego w Lozannie, który zmusił właściciela FCU Politehnica Timișoara zmienić nazwę i używać innych kolorów. Dlatego w 2007 roku klub Mariana Iancu zmienił nazwę na FC Politehnica 1921 Știința Timișoara. Jednak Trybunał Arbitrażu Sportowego uznał, że nowa nazwa nadal łatwo można pomylić z nazwą klubu z IV ligi, dając termin zmiany nazwy do dnia 30 czerwca 2008 roku, w przeciwnym razie klub nie może uczestniczyć w Pucharze UEFA w sezonie 2007/08.