Pozostawał również w bliskiej przyjaźni z twórcą „Star Treka” Gene’em Roddenberrym, i został wymieniony w napisach Star Trek: The Motion Picture jako konsultant w procesie produkcji (ogólnie rzecz biorąc, za upewnienie Paramount Pictures, że pomysły Roddenberry’ego są prawdopodobnymi ekstrapolacjami fantastycznonaukowymi).
Asimov zmarł 6 kwietnia 1992. Przeżyła go druga żona, Janet, oraz dzieci z pierwszego małżeństwa. Dziesięć lat po jego śmierci zredagowane przez Janet Asimov wydanie autobiografii Asimova It’s Been a Good Life ujawniło, że zgon spowodowany był przez AIDS; zaraził się wirusem HIV przez transfuzję krwi otrzymaną w czasie operacji by-passów w grudniu 1983. Dokładną przyczyną zgonu była zapaść układu krążenia i wydalniczego w wyniku komplikacji po zakażeniu HIV. W epilogu It’s Been a Good Life Janet Asimov napisała, że Asimov chciał sprawę „upublicznić”, jednak lekarze nakłonili go do zachowania milczenia, ostrzegając, iż uprzedzenia przeciw AIDS rozciągną się na innych członków rodziny. Już po jego śmierci rodzina Asimova ponownie rozważała ujawnienie choroby, jednak kontrowersje narosłe wokół ujawnienia przez Arthura Ashe’a własnego zakażenia AIDS odwiodły ich od tego zamiaru.