W 1824 roku Victoria został pierwszym prezydentem Meksyku wybranym w wyborach. Mimo że jako dowódca wojskowy wykazywał się nieprzeciętnymi zdolnościami, to jako prezydent nie miał odpowiednich kompetencji. Victoria nie mógł sobie poradzić z zawiłościami polityki, często był wykorzystywany przez tych, którym zaufał. Za jego rządów gospodarka kraju kulała i praktycznie nie przeprowadzono żadnych ważniejszych reform. Iturbide, który powrócił z wygnania z Włoch, został wkrótce stracony. W sprawach zagranicznych młode państwo nawiązało stosunki dyplomatyczne z wszystkimi ważniejszymi państwami. Victoria wyrzucił z kraju także wszystkich Hiszpanów, którzy byli nielojalni wobec nowej władzy. Najtrudniejszym momentem w jego prezydenturze był roku 1827, kiedy to wiceprezydent Nicolás Bravo (1786–1854) przygotował zamach stanu, który został stłumiony dzięki pomocy generałów Santa Anny i Vicentego Guerrero (1782–1831).
Victoria zmarł wskutek komplikacji związanych z epilepsją w 1843 roku w Perote, gdzie też został pochowany.