(2020) stwierdzili, że w czasie jury najpierw oddzieliły się linie rozwojowe jednoliściennych, następnie magnoliowych, w czasie późnej jury – zieleńcowców, rogatkowców i w końcu już w kredzie nastąpiło różnicowanie w obrębie dwuliściennych właściwych.
W systemie Ruggiero i in. (2015) rząd tworzy jeden z 18 nadrzędów okrytonasiennych – Ceratophyllanae.
Rogatkowate reprezentują bardzo dawną grupę roślin i w przeszłości mogły być bardzo zróżnicowane. W zapisie kopalnym znane są rośliny zaliczane do tej rodziny wyodrębniane w rodzaj Donlesia sprzed ok. 100 milionów lat. Za spokrewnione uznawane są skamieniałości gatunku sprzed około 125 milionów lat – Montsechia vidalii, klasyfikowane do własnej rodziny Montsechiaceae. Najstarsze znaleziska klasyfikowane do rodzaju rogatek Ceratophyllum datowane są na 45 milionów lat.
Pozycja w systemie APG IV (2016) Pozycja rogatkowatych jest niepewna. Przedstawiane są prowizorycznie jako siostrzaną pozycję tych roślin w stosunku do dwuliściennych właściwych eudicots.
Pozycja rogatkowców na tle wczesnych dwuliściennych według APweb (aktualizowany system APG IV):
Pozycja systematyczna według Yanga i in.