Struktura Olimpiada Filozoficzna składa się z trzech etapów. Jakkolwiek sposób organizacji każdego z etapów ewoluował w czasie, od 2009 roku obowiązuje następujący schemat organizacyjny: I etap: zawody szkolne – polegają na napisaniu przez uczniów w domu rozprawy filozoficznej na jeden, wybrany przez siebie temat. Tematy (od siedmiu do dziesięciu) publikowane są przez KGOF najpóźniej we wrześniu. Ich autorami są wybitni profesorowie uniwersyteccy. Prace należy złożyć do Komitetów Okręgowych OF (KOOF) w określonym w kalendarzu OF terminie. II etap: zawody okręgowe – ich zadaniem jest sprawdzenie ogólnego poziomu wiedzy i umiejętności uczniów z zakresu filozofii. Od roku szkolnego 2013/2014 odbywają się one w ciągu jednego dnia i polegają na rozwiązaniu testu oraz napisaniu eseju filozoficznego na jeden z podanych tematów. III etap: zawody centralne – ich zadaniem jest wyłonienie finalistów i laureatów Olimpiady Filozoficznej. Polegają one na przystąpieniu do egzaminu ustnego, który opiera się na obronie pracy etapu szkolnego, odpowiedzi na pytania merytoryczne oraz (od roku szkolnego 2013/2014) na interpretacji fragmentu tekstu filozoficznego.
Podstawowe informacje, tj.